에이겐지는 임제종, 황벽종의 명파 15본산 중 하나인 에이겐지파의 대본산으로, 전국에 127개의 말사를 거느린 좌선 연찬과 천하 안전을 기원하는 오래된 도장입니다.
남북조 시대의 고안 원년(1361) 오미의 수호직이었던 사사키 롯카쿠 우지요리 공이 이름 높은 고승 자쿠시쓰 겐코 선사에게 귀의하여 영내의 절경인 라이케이를 기부하고 가람을 창건한 것으로 시작되었습니다. 우지요리 공은 고야산에서 승려 수행을 한 적도 있는 신앙이 깊은 분이었고, 그의 법명인 '셋코 소에이', 그리고 사사키 가문의 적류였다는 이유로 '에이겐지'라고 명명되었습니다.
그리고 산호인 '서석산'은 처음에 '반고산'이라고 칭했던 것을 가람 조영 시에 거대한 받침돌이 얼마 안 되는 인부의 힘으로 움직였고, 본존 관세음보살이 큰 바위 위에 나타나는 등 돌과 관련하여 기이하고 상서로운 일들이 여럿 일어나 이로 인해 개호되었다고 전해집니다.
선사가 입사하고 개산하자 그 높은 덕을 흠모하는 승려와 속인 2천여 명이 모였으며, 지난날에는 산 속에 56곳이나 되는 말암을 가지고 있었다고 합니다.